В ситуации, описанной в вопросе, ключевым аспектом является определение того, считаются ли Попов и Лариса родственниками в том смысле, который мог бы препятствовать заключению брака по законодательству.
Согласно Семейному кодексу Российской Федерации, браки между близкими родственниками запрещены. Это касается прямых восходящих и нисходящих линий (родители и дети, дедушки, бабушки и внуки), а также полнородные и неполнородные братья и сестры. Однако в вашем случае, Попов и Лариса не являются ни биологическими, ни усыновленными братом и сестрой. Попов был просто взят на воспитание дядей Ларисы, что не устанавливает между ними юридических родственных связей.
Тем не менее, существует понятие "фактически воспитанные как брат и сестра", которое иногда может использоваться для оценки подобных ситуаций. Но такое понятие чаще всего применяется в немногих юрисдикциях и обычно требует дополнительного обоснования и подтверждения, что такие отношения действительно существенно аналогичны отношениям между биологическими братом и сестрой.
ЗАГС, отказывая в регистрации брака, по всей видимости, опирался на возражения родителей Ларисы и возможно на общественные нормы морали или этики. Однако с юридической точки зрения, если нет документального установления усыновления или опекунства с юридическими последствиями, такой отказ может быть оспорен в суде, поскольку не имеет под собой законных оснований по действующему законодательству.
Таким образом, действия органов ЗАГСа в данном случае могут быть оценены как не совсем законные, и Попов с Ларисой имеют право обжаловать данный отказ в судебном порядке.